Toniemy w morzu danych

Jak skutecznie wykorzystać w pracy naukowej duże bazy danych? Stosowanymi przez siebie rozwiązaniami niemieccy uczeni podzielili się z naukowcami Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu.- By ruszyć z projektami, musimy wypracować dobry system integracji naszych danych - zarówno tych, które gromadzimy od lat, jak i tych, które dotyczą bieżących badań. Cieszę się, że możemy czerpać z doświadczeń najlepszych ośrodków w Europie - mówił przy powitaniu gości prof. Piotr Ponikowski. To z inicjatywy prorektora ds. nauki zorganizowano spotkanie, na które zaproszono pracowników uczelni zaangażowanych w badania naukowe, wymagające gromadzenia i przetwarzania ogromnych ilości różnorodnych danych.



- Przyrost danych jest w ostatnich latach niewyobrażalny - zaznaczył prof. Bogdan Franczyk. Na co dzień pracuje na UE i Uniwersytecie Technicznym w Lipsku. Podkreślał, że wykorzystywanie dużych zbiorów, których dotyczy spotkanie, przypomina nieco płukanie złota. 80% nadaje się do wyrzucenia. Z drugiej strony w tym ogromie informacji trudno wykorzystać je w pełni i na tych samych danych sprawdzić, czy wyniki się powtarzają.


- Często jako badacze postawieni jesteśmy przed problemem infrastruktury - jak i gdzie je gromadzić, co nam do tego potrzebne, zajmuje to mnóstwo czasu i energii - tymczasem nas interesują wyniki, a nie kwestie techniczne - podkreślał prof. Franczyk. Przedstawiał też alternatywne rozwiązania kwestii technicznych - od budowy serwerowni po wyprowadzenie usług do zewnętrznych firm czy tak zwanych chmur. Za każdym razem jednak do rozważanie pozostawały kwestie dotyczące zachowania wymogów w zakresie polityki prywatności.



- Warto zadać sobie pytanie, na ile wyceniamy jeden rekord pacjenta w badaniach - to pozwala poczuć rzeczywistą wartość danych wykorzystanych w badaniach naukowych - podkreślał prof. Karol Kozak. Profesor poza polskimi i niemieckimi uniwersytetami współpracuje także z Grupą Fraunhofera, gdzie ogromny nacisk kładzie się na komercjalizację wyników badań naukowych. Badania prowadził jak dotąd głównie obszarze neurologii, koncentrując się na udarze, stwardnieniu rozsianym i chorobie Parkinsona.


Przykład jednej z możliwości oferowanych rozwiązań pokazała próba przeprowadzona przez koordynującą projekt na naszej uczelni dr Agnieszkę Siennicką z Katedry Fizjologii.
- Wszyscy doskonale wiemy, jak prowadzimy badania - tworzymy, często w Excelu, tabelki, do których przepisujemy dane pacjenta, historię jego choroby, przeprowadzone badania czy testy. Następnie obliczamy, wyciągamy wnioski i na ich podstawie publikujemy - wyliczała dr Siennicka. A potem dane trafiają na półkę. Tymczasem w każdej klinice prowadzonych jest wiele badań, często uwzględniających tę samą osobę (czasami zbadaną ponownie po latach), czasem uwzględniających po prostu ten sam parametr czy pomiar.


Wspólnie z Markiem Labudą, który realizował projekt od strony informatycznej, na próbę scalili 3 projekty prowadzone w dwóch współpracujacych ze sobą katedrach naszej uczelni - Katedrze Chorób Serca i Fizjologii. Do tego celu stworzyli specjalny formularz eCRF, który nie tylko łączy stare dane, ale też może działać inteligentnie, kontrolując jakość wprowadzanych informacji i co ważne – łącząc każda nową informację z wszystkimi już posiadanymi danymi. Uporządkowane dane są szybko i w prosty sposób możliwe do wykorzystania w kolejnych badaniach.

Co się okazało na samym wstępie? Te same procedury i badania nawet w obrębie jednej kliniki mogą być opisywane w różny sposób, co uniemożliwia ich połączenie. Tymczasem dzięki prezentowanemu systemowi te same parametry mogą być wykorzystywane w nowych konfiguracjach i dawać dodatkowe efekty. Grupowanie zwiększa liczebność grupy, co zawsze jest korzystne dla statystyki.

Prezentacje spotkały się z dużym zainteresowaniem. W czasie dyskusji podnoszono kwestie kosztów, które zobowiązani bylibyśmy ponieść, ponadto uczestnicy wskazywali aspekty prawne łączenia baz danych i ochrony danych wrażliwych.


Fot. Tomasz Walów
Uczestnicy spotkania podkreślali, że możliwości warto byłoby wykorzystać do tworzenia baz przy nowych projektach - nakazanie ujednolicenia systemów zapisów we wszystkich klinikach w uczelni byłoby nowym, obiecującym otwarciem, zwłaszcza że system mógłby być wykorzystywany także do biobankowania.

- Uważam, że będziemy musieli pójść w tę stronę. Trzeba rozważyć nasze możliwości. Czas przestać działać jak manufaktura - konkludował prof. Piotr Ponikowski i polecał kontakt z koordynującą projekt na UMW dr Agnieszką Siennicką z Katedry Fizjologii (agnieszka.siennicka@umed.wroc.pl).